DOI: 10.24075/brsmu.2017-04-03

МЕТОД

Модификация мультиплексной ПЦР в «реальном времени» для количественной оценки фракций внеклеточной ДНК разного размера

Е. А. Соколова1,2, И. В. Хлистун1, Д. Н. Кушлинский3
Информация об авторах

1 ООО «Биокод», Москва

2 Лаборатория палеогеномики, факультет естественных наук,
Новосибирский государственный университет, Новосибирск

3 Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н. Н. Блохина, Москва

Для корреспонденции: Соколова Екатерина Алексеевна
Новомещеренский проезд, д. 9, стр. 1, г. Москва, 119619; ur.xednay@8062aeavolokos

Статья получена: 25.08.2017 Статья принята к печати: 30.08.2017
|

Данные о распределении фрагментов внеклеточной ДНК (вкДНК) по фракциям в зависимости от их размера могут иметь диагностическую ценность. В статье описывается разработанный и валидированный авторами метод мультиплексной количественной полимеразной цепной реакции в «реальном времени» для исследования степени фрагментированности вкДНК плазмы крови. Метод основан на определении фрагментов Alu и hLINE-1 с помощью флуоресцентных зондов. Были подобраны последовательности праймеров и зондов, проведена оптимизация ПЦР и оценка динамического диапазона измерений и нижнего порога детекции. Аналитические характеристики метода: динамический диапазон измерений — 6 порядков, эффективность ПЦР — более 90 %. С использованием разработанного подхода было показано, что индекс фрагментированности вкДНК плазмы крови женщин с раком яичников стадий III–IV (n = 14) не отличается достоверно (p = 0,34) от этого показателя у здоровых женщин (n = 16). В дальнейшем следует проводить исследование на более крупной выборке, а также использовать электрофоретическую селекцию фрагментов вкДНК по фракциям.

Ключевые слова: внеклеточная ДНК, вкДНК, мультиплексная количественная ПЦР, Alu-повторы, hLINE-1-повторы, праймеры, флуоресцентный зонд

КОММЕНТАРИИ (0)