DOI: 10.24075/brsmu.2017-04-03

МЕТОД

Модификация мультиплексной ПЦР в «реальном времени» для количественной оценки фракций внеклеточной ДНК разного размера

Е. А. Соколова1,2, И. В. Хлистун1, Д. Н. Кушлинский3
Информация об авторах

1 ООО «Биокод», Москва

2 Лаборатория палеогеномики, факультет естественных наук,
Новосибирский государственный университет, Новосибирск

3 Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н. Н. Блохина, Москва

Для корреспонденции: Соколова Екатерина Алексеевна
Новомещеренский проезд, д. 9, стр. 1, г. Москва, 119619; ur.xednay@8062aeavolokos

Статья получена: 25.08.2017 Статья принята к печати: 30.08.2017
|
Рис. 1. Выравнивание консенсусных нуклеотидных последовательностей разных семейств Alu-повторов. Позиции выбранных олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентного зонда выделены подчеркиванием. Темно-серым цветом выделены позиции, в которых нуклеотид совпадает с консенсусной последовательностью (нижняя строка), светло-серым — позиции с заменой в нуклеотидной последовательности. Прочерк — делеция нуклеотида по данной позиции
Рис. 2. График мультиплексной ПЦР для Alu и hLINE-1. По оси абсцисс указаны циклы ПЦР, по оси ординат — уровень флуоресценции в относительных единицах RFU. Кривые синего цвета — для зонда FAM, зеленого цвета — для зонда HEX
Рис. 3. Динамический диапазон измерений. Ось абсцисс — количество образца в относительных единицах, ось ординат — пороговый цикл Cq. Каждое измерение — в 3 повторностях
Рис. 4. Соотношение фракций длинных и коротких фрагментов вкДНК (R), в плазме крови женщин с раком яичников (А) и здоровых женщин (Б)
Таблица 1. Структуры праймеров и флуоресцентных зондов для Alu и hLINE-1
Таблица 2. Результаты статистического анализа данных о соотношении фракций длинных и коротких фрагментов вкДНК (R), полученной из плазмы крови женщин с раком яичников и здоровых женщин