ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Исследование долгосрочного эффекта высоких доз циклофосфамида на репертуар Т-клеточных рецепторов T-лимфоцитов периферической крови у пациентов с аутоиммунными васкулитами

Информация об авторах

1 Группа структурной организации Т-клеточного иммунитета, отдел геномики адаптивного иммунитета, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук, Москва

2 Первый Московский государственный медицинский университет имени И. М. Сеченова (Сеченовский Университет), Москва

Для корреспонденции: Ольга Владимировна Британова
ул. Миклухо-Маклая, д. 16/10, г. Москва, 117997; moc.liamg@natirblo

Информация о статье

Финансирование: работа выполнена при поддержке Российского научного фонда, грант № 16-15-00149. В исследовании было использовано оборудование Центра коллективного пользования ИБХ РАН, поддержанного Министерством образования и науки России, идентификатор соглашения — RFMEFI62117X0018.

Вклад всех авторов в работу равнозначен: подбор и анализ литературы, планирование исследования, сбор, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи, внесение исправлений.

Статья получена: 04.10.2017 Статья принята к печати: 25.10.2017 Опубликовано online: 14.01.2018
|
Рис. 1. Схема получения библиотек кДНК Т-клеточных рецепторов (T-cell receptors, TCR). Свитч-адаптер содержит уникальную последовательность, обозначенную на рисунке штрих-кодом. Наличие молекулярного баркода позволяет производить коррекцию ошибок, как в упрощенном виде показано на последнем этапе. Амплифицированный фрагмент содержит последовательность CDR3 бета-цепи TCR, которая определяет разнообразие рецепторов
Рис. 2. Доля наивных Т-клеток среди CD3+-лимфоцитов периферической крови и разнообразие репертуаров бета-цепей Т-клеточных рецепторов (T-cell receptors, TCR) у пациентов с аутоиммунными васкулитами, получавшими терапию циклофосфамидом в высоких дозах (синие точки), и здоровых людей (оранжевые точки). (А) Доля наивных Т-клеток в общем пуле CD3+-лимфоцитов. Точки нанесены на график с учетом возраста участников исследования. (Б) Разнообразие TCR, оцененное по индексу Chao1. Основной вклад в значение индекса вносят клоны с низкой встречаемостью, т. е. преимущественно TCR наивных Т-лимфоцитов. (В) Разнообразие вариантов последовательности CDR3 на 25 000 случайных молекул кДНК бета-цепей TCR. (Г) Разнообразие бета-цепей TCR, оцененное по индексу Шеннона–Винера. Важно равномерное распределение клонотипов в репертуаре TCR. (Д) Доля наивных Т-клеток в общем пуле CD3+-лимфоцитов с учетом значений индекса Chao1. (Е) Количество «публичных» клонотипов в клонсетах в зависимости от возраста донора. Для (Б–Е) произведены расчеты на 25 000 произвольно выбранных молекул кДНК бета-цепей TCR