ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Компьютерный прогноз взаимодействия низкомолекулярных органических соединений с белками-мишенями

П. В. Погодин1,2, А. А. Лагунин1, С. М. Иванов1, В. И. Конова1, Д. А. Филимонов1, В. В. Поройков1,2
Информация об авторах

1 Отдел биоинформатики, лаборатория структурно-функционального конструирования лекарств,
НИИ биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича РАМН, Москва

2 Кафедра биохимии, медико-биологический факультет,
Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва

Для корреспонденции: Погодин Павел Викторович
ул. Погодинская, д. 10, г. Москва, 119121; moc.liamg@vpnidogop

Статья получена: 01.07.2013 Статья принята к печати: 29.10.2013 Опубликовано online: 05.01.2017
|

Цель исследования — разработать специализированную версию компьютерной системы PASS — PASS Targets для компьютерного прогноза спектра взаимодействий химических соединений с белками-мишенями на основе информа­ции из базы данных ChEMBLdb (версия 14). Данные о взаимодействии с белками-мишенями для 348 137 соединений были извлечены из базы данных ChEMBLdb и использованы для обучения PASS Targets. Средняя точность прогноза взаимодействия химических соединений с белками-мишенями, рассчитанная по методу скользящего контроля с ис­ключением по одному, составила 98,1 %. Разработанная нами компьютерная система PASS Targets может быть ис­пользована для прогнозирования взаимодействия с 3257 белками-мишенями, представляющими 8 основных классов белков-мишеней из 215 видов организмов.

Ключевые слова: SAR, PASS, спектр лиганд-белковых взаимодействий, компьютерный прогноз, фармакология in silico, белки-мишени, ChEMBLdb

КОММЕНТАРИИ (0)