2017 / 01

Следующая статья
DOI: 10.24075/brsmu.2017-01-05

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Генотипирование клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis, выделенных в Московском регионе, методом MIRU-VNTR

К. В. Шур, Д. А. Маслов, О. Б. Беккер, В. Н. Даниленко
Информация об авторах

Лаборатория генетики микроорганизмов, Отдел генетических основ биотехнологии,
Институт общей генетики имени Н. И. Вавилова РАН, Москва

Для корреспонденции: Валерий Николаевич Даниленко
ул. Губкина, д. 3, г. Москва, 119333; ur.ggiv@direlav

Информация о статье

Финансирование: работа выполнена в рамках двустроннего проекта Российского фонда фундаментальных исследований (№ 13-04-91444 «Токсины–антитоксины и RpsA в лекарственной устойчивости и персистенции микобактерий туберкулеза»).

Благодарности: авторы благодарят коллектив отдела микробиологии Центрального научно-исследовательского института туберкулеза (Москва) и, в частности, д. б. н. Ларису Черноусову за помощь в создании коллекции клинических изолятов M. tuberculosis.

Вклад авторов в работу: К. В. Шур — планирование эксперимента, сбор, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; Д. А. Маслов — планирование эксперимента, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; О. Б. Беккер, В. Н. Даниленко — планирование эксперимента, интерпретация данных, подготовка черновика рукописи.

Статья получена: 01.02.2017 Статья принята к печати: 24.03.2017 Опубликовано online: 13.03.2017
|
  1. World Health Organization. Global tuberculosis control: WHO report 2015. Vol. 1. Geneva, Switzerland; 2015.
  2. Homolka S, Niemann S, Russell DG, Rohde KH. Functional genetic diversity among Mycobacterium tuberculosis complex clinical isolates: delineation of conserved core and lineage- specific transcriptomes during intracellular survival. PLoS Pathog. 2010 Jul; 6 (7): e1000988. DOI: 10.1371/journal.ppat.1000988.
  3. Mitchison DA, Wallace JG, Bhatia AL, Selkon JB, Subbaiah TV, Lancaster MC. A comparison of the virulence in guinea-pigs of South Indian and British tubercle bacilli. Tubercle. 1960 Feb; 41: 1–22.
  4. Villellas C, Aristimuño L, Vitoria M-A, Prat C, Blanco S, García de Viedma D, et al. Analysis of mutations in streptomycin-resistant strains reveals a simple and reliable genetic marker for identification of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype. J Clin Microbiol. 2013 Jul; 51 (7): 2124–30. DOI: 10.1128/ JCM.01944-12.
  5. Mokrousov I, Narvskaya O, Vyazovaya A, Otten T, Jiao WW, Gomes LL, et al. Russian “successful” clone B0/W148 of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: A multiplex PCR assay for rapid detection and global screening. J Clin Microbiol. 2012; 50 (11): 3757–9. DOI: 10.1128/JCM.02001-12.
  6. van Soolingen D, Qian L, de Haas PE, Douglas JT, Traore H, Portaels F, et al. Predominance of a single genotype of Mycobacterium tuberculosis in countries of east Asia. J Clin Microbiol. 1995 Dec; 33 (12): 3234–8.
  7. Homolka S, Projahn M, Feuerriegel S, Ubben T, Diel R, Nubel U, et al. High resolution discrimination of clinical Mycobacterium tuberculosis complex strains based on single nucleotide polymorphisms. PLoS One. 2012; 7 (7): e39855. DOI: 10.1371/journal.pone.0039855.
  8. Zaychikova MV, Zakharevich NV, Sagaidak MO, Bogolubova NA, Smirnova TG, Andreevskaya SN, et al. Mycobacterium tuberculosis Type II Toxin-Antitoxin Systems: Genetic Polymorphisms and Functional Properties and the Possibility of Their Use for Genotyping. PLoS One. 2015 Dec 14; 10 (12): e0143682. DOI: 10.1371/journal.pone.0143682.
  9. Weniger T, Krawczyk J, Supply P, Niemann S, Harmsen D. MIRU- VNTRplus: a web tool for polyphasic genotyping of Mycobacterium tuberculosis complex bacteria. Nucleic Acids Res. 2010 Jul; 38 (Web Server issue): W326–31. DOI: 10.1093/nar/gkq351. Epub 2010 May 10.
  10. Maslov DA, Zaichikova MV, Chernousova LN, Shur KV, Bekker OB, Smirnova TG, et al. Resistance to pyrazinamide in Russian Mycobacterium tuberculosis isolates: PncA sequencing versus Bactec MGIT 960. Tuberculosis (Edinb). 2015 Sep; 95 (5): 608–12. DOI: 10.1016/j.tube.2015.05013.
  11. Supply P, Allix C, Lesjean S, Cardoso-Oelemann M, Rüsch- Gerdes S, Willery E, et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable- number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol. 2006 Dec; 44 (12): 4498–510. DOI: 10.1128/ JCM.01392-06. Epub 2006 Sep 27.
  12. Allix-Béguec C, Harmsen D, Weniger T, Supply P, Niemann S. Evaluation and strategy for use of MIRU-VNTRplus, a multifunctional database for online analysis of genotyping data and phylogenetic identification of Mycobacterium tuberculosis complex isolates. J Clin Microbiol. 2008 Aug; 46 (8): 2692–9. DOI: 10.1128/JCM.00540-08. Epub 2008 Jun 11.
  13. Cohen T, van Helden PD, Wilson D, Colijn C, McLaughlin MM, Abubakar I, et al. Mixed-strain Mycobacterium tuberculosis infections and the implications for tuberculosis treatment and control. Clin Microbiol Rev. 2012 Oct; 25 (4):708–19. DOI: 10.1128/CMR.00021-12.
  14. Mokrousov I. Mycobacterium tuberculosis phylogeography in the context of human migration and pathogen’s pathobiology: Insights from Beijing and Ural families. Tuberculosis (Edinb). 2015 Jun; 95 Supple 1: S167–76. DOI: 10.1016/j.tube.2015.02.031. Epub 2015 Feb 24.