DOI: 10.24075/brsmu.2017-04-07

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Определение частоты встречаемости мутаций в гене PAH с применением комбинации технологий ПЦР «в реальном времени» и высокопроизводительного секвенирования у больных фенилкетонурией Московского региона

А. И. Никифорова1, Д. Д. Абрамов1, В. В. Кадочникова1, Г. Ю. Зобкова1, К. А. Огурцова2, Н. О. Брюханова2, Е. А. Шестопалова2, Т. О. Кочеткова3, Е. С. Шубина, А. Е. Донников1, Д. Ю. Трофимов1
Информация об авторах

1 ООО «НПФ ДНК-Технология», Москва

2 Морозовская детская городская клиническая больница, Москва

3 Лаборатория молекулярно-генетических методов,
Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика
В. И. Кулакова, Москва

Для корреспонденции: Никифорова Алёна Игоревна
Каширское ш., д. 24, г. Москва, 115478; ur.ygolonhcet-and@avorofikin

Информация о статье

Вклад авторов в работу: А. И. Никифорова — планирование исследования, проведение NGS-секвенирования, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика и редактирование рукописи; Д. Д. Абрамов — планирование исследования, разработка диагностической панели, анализ и интерпретация данных, редактирование рукописи; В. В. Кадочникова — проведение ПЦР-исследования, анализ данных; Г. Ю. Зобкова — анализ литературы, интерпретация данных, редактирование рукописи; К. А. Огурцова, Н. О. Брюханова — сбор и анализ данных; Е. А. Шестопалова — планирование исследования, сбор и анализ данных, редактирование рукописи; Т. О. Кочеткова — проведение NGS-секвенирования, анализ данных; Е. С. Шубина — биоинформатический анализ данных, редактирование рукописи; А. Е. Донников — планирование исследования, интерпретация данных, редактирование рукописи; Д. Ю. Трофимов — планирование исследования, концепция и дизайн NGS-секвенирования.

Статья получена: 07.08.2017 Статья принята к печати: 16.08.2017
|

Определена частота встречаемости мутаций в гене фенилаланингидроксилазы (PAH) у неродственных детей (n = 71) с диагнозом «фенилкетонурия», наблюдавшихся в Морозовской детской городской клинической больнице (г. Москва) в 2015–2016 гг. Для выявления частых вариантов мутаций в гене PAH была применена оригинальная технология определения нуклеотидных замен на основе ПЦР в режиме «реального времени» (real-time PCR), выполнено дополнительное исследование гена методом целевого секвенирования нового поколения (NGS). Эффективность диагностирования методом ПЦР при выявлении носительства патогенного аллеля в выборке составила 83 %. При проведении комбинированной диагностики мутации в двух аллелях были выявлены в 66 случаях из 71. Всего определено 26 патогенных мутаций в гене PAH, наиболее часто представлены мутации p.R408W (47,9 %) и p.R261Q (9,9 %). Распространенные в России IVS10nt546, IVS12+1G>A, p.R158Q, p.Y414C, IVS4+5G>T выявлены с частотами от 4,2 до 2,8 %. Суммарная частота встречаемости половины определенных вариантов мутаций составила менее 10 %. По итогам секвенирования гена PAH обнаружен ряд ранее не описанных для Московского региона мутаций различного функционального типа: p.D222Terfs, p.R111Ter, p.F161S, p.G188D, p.R270K, p.L311P, p.F55L, p.F55Leufs, IVS1+5G>T, IVS8-7A>G. Мутации p.D222Terfs и p.R111Ter (с частотами 2,1 % каждая) являются потенциальными кандидатами на включение в состав скрининговой панели. Полученные данные могут быть использованы для разработки схем генодиагностики фенилкетонурии.

Ключевые слова: фенилкетонурия, ген фенилаланингидроксилазы, PAH, генетическая диагностика

КОММЕНТАРИИ (0)