DOI: 10.24075/vrgmu.2018.019

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Поиск и анализ CRISPR-Cas системы в штамме Escherichia coli HS и детектируемых спейсерами его CRISPR-кассеты фаговых рас методами биоинформатики

Е. И. Иванова1, Ю. П. Джиоев2, А. Ю. Борисенко2, Н. П. Перетолчина2, Л. А. Степаненко2, Е. В. Григорова1, А. И. Парамонов1, У. М. Немченко1, Т. В. Туник1, Е. А. Кунгурцева1
Информация об авторах

1 Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека, Иркутск

2 Институт биомедицинских технологии, Иркутский государственный медицинский университет, Иркутск

Для корреспонденции: Елена Иннокентьевна Иванова
ул. Тимирязева, д. 16, г. Иркутск, 664003; moc.liamg@mei.avonavi

Статья получена: 15.03.2018 Статья принята к печати: 24.03.2018
|

CRISPR-Cas система — это иммунная система прокариот, обеспечивающая защиту от чужеродных репликонов, в первую очередь вирусов и плазмид. Устойчивость к повторным инфекциям приобретается в результате включения в состав CRISPR-кассет коротких последовательностей, или спейсеров, комплементарных участкам соответствующих вирусных или плазмидных геномов. В настоящее время эшерихиозные инфекции остаются серьезной проблемой практической медицины. Вследствие их крайней устойчивости к терапии с использованием антибиотиков необходима разработка новых подходов лечения. Целью исследования был поиск структур CRISPR-Cas систем в геномной последовательности штамма Escherichia coli HS. Использовали методы программного моделирования MacSyFinder (Macromolecular System Finder, ver. 1.0.2.). Поиск точной гомологии последовательностей осуществляли посредством установленных вспомогательных пакетов makeblastdb (ver. 2.2.28), HMMER (ver. 3.0). В результате методами биоинформатики была выявлена одна CRISPR-Cas система и расшифрованы спейсерные последовательности CRISPR-кассеты у штамма Escherichia coli HS. С помощью последовательностей спейсеров CRISPR-кассеты были определены комплементарные им протоспейсерные участки нескольких типов фагов, что позволяет оценить степень их устойчивости к этим чужеродным генетическим элементам.

Ключевые слова: системы CRISPR-Cas, биоинформатика, бактериофаги, Escherichia coli HS

КОММЕНТАРИИ (0)