DOI: 10.24075/vrgmu.2019.048

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Опыт применения культурального, масс-спектрометрического и молекулярного методов в исследовании кишечной микробиоты у детей

Б. А. Ефимов, А. В. Чаплин, С. Р. Соколова, З. А. Черная, А. П. Пикина, А. М. Савилова, Л. И. Кафарская
Информация об авторах

Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия

Для корреспонденции: Борис Алексеевич Ефимов
ул. Островитянова, д. 1, г. Москва, 117997; ur.liam@ab_vomife

Информация о статье

Финансирование: работа поддержана грантом Российского научного фонда (№ 17-15-01488).

Вклад авторов в работу: Б. А. Ефимов — планирование исследования, анализ литературы, отбор обследуемых детей, сбор биоматериала, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. В. Чаплин — планирование исследования, анализ литературы, выделение бактериальной ДНК, проведение ПЦР, очистка ампликонов для секвенирования, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; С. Р. Соколова — планирование исследования, анализ литературы, сбор биоматериала, микробиологическое исследование, выделение бактериальной ДНК, проведение ПЦР, очистка ампликонов для секвенирования, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; З. А. Черная — планирование исследования, анализ литературы, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. П. Пикина — планирование исследования, анализ литературы, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. М. Савилова — анализ литературы, микробиологическое исследование, подготовка черновика рукописи; Л. И. Кафарская — планирование исследования, анализ литературы, отбор обследуемых детей, микробиологическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи.

Статья получена: 27.06.2019 Статья принята к печати: 12.07.2019 Опубликовано online: 09.08.2019
|

В последние десятилетия основными методами оценки состава микробиоты стали технологии секвенирования нуклеиновых кислот, используемые для метагеномного анализа. В то же время внедрение в практику микробиологических исследований новых методов культивирования и идентификации микроорганизмов привело к ренессансу культуральных технологий, поскольку позволило решить задачи по поиску и выделению новых штаммов как уже известных микроорганизмов, так и ранее некультивируемых и неизученных бактериальных таксонов. Целью работы было оценить потенциал использования культурального метода для оценки качественного и количественного состава кишечной микробиоты здоровых детей. Анализ состава доминирующих групп анаэробных бактерий, а также аэробных бактерий и грибов у 20 здоровых детей в возрасте 2–4 лет проводили путем высева серийных разведений фекалий на 11 питательных сред. Для идентификации микроорганизмов использовали метод MALDI TOF MS и секвенирование фрагмента гена 16S рРНК. Идентификация 1819 выделенных штаммов микроорганизмов показала, что они принадлежали к 7 типам, 13 классам, 18 порядкам, 33 семействам, 77 родам и 149 видам домена бактерий. По количеству и частоте встречаемости доминировали бактерии типов Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria и Proteobacteria. Наибольшее видовое разнообразие (более 85 видов) обнаружено среди бактерий типа Firmicutes. Выделено 10 штаммов новых, пока не охарактеризованных бактериальных видов.

Ключевые слова: дети, масс-спектрометрия, кишечная микробиота, выделение бактерий, биоразнообразие, микробиологические методы, секвенирование ДНК, MALDI TOF MS

КОММЕНТАРИИ (0)