ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
Вестник РГМУ
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Опыт применения культурального, масс-спектрометрического и молекулярного методов в исследовании кишечной микробиоты у детей
Информация об авторах
Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия
Для корреспонденции: Борис Алексеевич Ефимов
ул. Островитянова, д. 1, г. Москва, 117997; ur.liam@ab_vomife
Информация о статье
Финансирование: работа поддержана грантом Российского научного фонда (№ 17-15-01488).
Вклад авторов в работу: Б. А. Ефимов — планирование исследования, анализ литературы, отбор обследуемых детей, сбор биоматериала, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. В. Чаплин — планирование исследования, анализ литературы, выделение бактериальной ДНК, проведение ПЦР, очистка ампликонов для секвенирования, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; С. Р. Соколова — планирование исследования, анализ литературы, сбор биоматериала, микробиологическое исследование, выделение бактериальной ДНК, проведение ПЦР, очистка ампликонов для секвенирования, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; З. А. Черная — планирование исследования, анализ литературы, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. П. Пикина — планирование исследования, анализ литературы, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. М. Савилова — анализ литературы, микробиологическое исследование, подготовка черновика рукописи; Л. И. Кафарская — планирование исследования, анализ литературы, отбор обследуемых детей, микробиологическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи.
Статья получена: 27.06.2019
Статья принята к печати: 12.07.2019
Опубликовано online: 09.08.2019
|
В последние десятилетия основными методами оценки состава микробиоты стали технологии секвенирования нуклеиновых кислот, используемые для метагеномного анализа. В то же время внедрение в практику микробиологических исследований новых методов культивирования и идентификации микроорганизмов привело к ренессансу культуральных технологий, поскольку позволило решить задачи по поиску и выделению новых штаммов как уже известных микроорганизмов, так и ранее некультивируемых и неизученных бактериальных таксонов. Целью работы было оценить потенциал использования культурального метода для оценки качественного и количественного состава кишечной микробиоты здоровых детей. Анализ состава доминирующих групп анаэробных бактерий, а также аэробных бактерий и грибов у 20 здоровых детей в возрасте 2–4 лет проводили путем высева серийных разведений фекалий на 11 питательных сред. Для идентификации микроорганизмов использовали метод MALDI TOF MS и секвенирование фрагмента гена 16S рРНК. Идентификация 1819 выделенных штаммов микроорганизмов показала, что они принадлежали к 7 типам, 13 классам, 18 порядкам, 33 семействам, 77 родам и 149 видам домена бактерий. По количеству и частоте встречаемости доминировали бактерии типов Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria и Proteobacteria. Наибольшее видовое разнообразие (более 85 видов) обнаружено среди бактерий типа Firmicutes. Выделено 10 штаммов новых, пока не охарактеризованных бактериальных видов.
Ключевые слова: дети, масс-спектрометрия, кишечная микробиота, выделение бактерий, биоразнообразие, микробиологические методы, секвенирование ДНК, MALDI TOF MS