МЕТОД

Особенности подготовки библиотек для метагеномного секвенирования образцов на платформе Illumina

А. Ю. Красненко1, А. Ю. Елисеев2, Д. И. Борисевич1, К. Ю. Цуканов1, А. И. Давыдова1, В. В. Ильинский1
Информация об авторах

1 ООО «Генотек», Москва

2 Московская гимназия на Юго-западе № 1543, Москва

Для корреспонденции: Красненко Анна Юрьевна
Наставнический пер., 17, стр. 1, подъезд 14, г. Москва, 105120; moc.liamg@oknensarkanna

Информация о статье

Благодарности: авторы благодарят Дарью Плахину и Ивана Стеценка из ООО «Генотек» за помощь в работе, а также Сергея Глаголева из Московской гимназии на Юго-Западе № 1543 — за ценные советы и замечания.

Вклад авторов в работу: А. Ю. Красненко, А. Ю. Елисеев — анализ литературы, планирование и выполнение исследования, анализ и интерпретация данных; Д. И. Борисевич, К. Ю. Цуканов — биоинформатический анализ данных; А. И. Давыдова — подготовка черновика рукописи; В. В. Ильинский — планирование исследования, научный руководитель. Все авторы принимали участие во внесении исправлений в текст рукописи.

Статья получена: 12.04.2017 Статья принята к печати: 24.04.2017
|

Метагеномное секвенирование, позволяющее определять таксономическую принадлежность и долю прокариотических организмов в сообществах в разных средах, широко используется не только в научной деятельности, но и в медицинской практике. В настоящее время для изучения микробиома человека применяется так называемое метагеномное секвенирование маркерных генов, при котором секвенируется не весь геном, а лишь те его регионы, по которым можно установить родовую и иногда видовую принадлежность микроорганизмов. Чаще всего для амплификации выбирают участки гена 16S рибосомальной РНК (16S рРНК), последовательность которого, с одной стороны, высококонсервативна, а с другой — содержит вариабельные участки, которые отличаются однонуклеотидными заменами в случае с разными микроорганизмами. При этом для амплификации таких участков генома возможен подбор универсальных праймеров, что значительно снижает стоимость и время исследования. Точность секвенирования в этом случае обеспечивается точностью подбора универсальных праймеров и оптимальностью условий проведения ПЦР на этапе подготовки библиотеки для секвенирования. В статье мы описываем подход к подобру универсальных праймеров и условий ПЦР для амплификации регион-специфической части V3 и V4 участков гена 16S рРНК для дальнейшего секвенирования образцов на платформах Illumina.

Ключевые слова: полимеразная цепная реакция, микробиом, метагеномное секвенирование, рибосомальная РНК, 16S рРНК, универсальные праймеры, библиотеки для секвенирования, двойное баркодирование

КОММЕНТАРИИ (0)