DOI: 10.24075/brsmu.2017-02-04

МЕТОД

Особенности подготовки библиотек для метагеномного секвенирования образцов на платформе Illumina

Информация об авторах

1 ООО «Генотек», Москва

2 Московская гимназия на Юго-западе № 1543, Москва

Для корреспонденции: Красненко Анна Юрьевна
Наставнический пер., 17, стр. 1, подъезд 14, г. Москва, 105120; moc.liamg@oknensarkanna

Информация о статье

Благодарности: авторы благодарят Дарью Плахину и Ивана Стеценка из ООО «Генотек» за помощь в работе, а также Сергея Глаголева из Московской гимназии на Юго-Западе № 1543 — за ценные советы и замечания.

Вклад авторов в работу: А. Ю. Красненко, А. Ю. Елисеев — анализ литературы, планирование и выполнение исследования, анализ и интерпретация данных; Д. И. Борисевич, К. Ю. Цуканов — биоинформатический анализ данных; А. И. Давыдова — подготовка черновика рукописи; В. В. Ильинский — планирование исследования, научный руководитель. Все авторы принимали участие во внесении исправлений в текст рукописи.

Статья получена: 12.04.2017 Статья принята к печати: 24.04.2017
|

Метагеномное секвенирование, позволяющее определять таксономическую принадлежность и долю прокариотических организмов в сообществах в разных средах, широко используется не только в научной деятельности, но и в медицинской практике. В настоящее время для изучения микробиома человека применяется так называемое метагеномное секвенирование маркерных генов, при котором секвенируется не весь геном, а лишь те его регионы, по которым можно установить родовую и иногда видовую принадлежность микроорганизмов. Чаще всего для амплификации выбирают участки гена 16S рибосомальной РНК (16S рРНК), последовательность которого, с одной стороны, высококонсервативна, а с другой — содержит вариабельные участки, которые отличаются однонуклеотидными заменами в случае с разными микроорганизмами. При этом для амплификации таких участков генома возможен подбор универсальных праймеров, что значительно снижает стоимость и время исследования. Точность секвенирования в этом случае обеспечивается точностью подбора универсальных праймеров и оптимальностью условий проведения ПЦР на этапе подготовки библиотеки для секвенирования. В статье мы описываем подход к подобру универсальных праймеров и условий ПЦР для амплификации регион-специфической части V3 и V4 участков гена 16S рРНК для дальнейшего секвенирования образцов на платформах Illumina.

Ключевые слова: полимеразная цепная реакция, микробиом, метагеномное секвенирование, рибосомальная РНК, 16S рРНК, универсальные праймеры, библиотеки для секвенирования, двойное баркодирование

КОММЕНТАРИИ (0)