МЕТОД

Особенности подготовки библиотек для метагеномного секвенирования образцов на платформе Illumina

А. Ю. Красненко1, А. Ю. Елисеев2, Д. И. Борисевич1, К. Ю. Цуканов1, А. И. Давыдова1, В. В. Ильинский1
Информация об авторах

1 ООО «Генотек», Москва

2 Московская гимназия на Юго-западе № 1543, Москва

Для корреспонденции: Красненко Анна Юрьевна
Наставнический пер., 17, стр. 1, подъезд 14, г. Москва, 105120; moc.liamg@oknensarkanna

Информация о статье

Благодарности: авторы благодарят Дарью Плахину и Ивана Стеценка из ООО «Генотек» за помощь в работе, а также Сергея Глаголева из Московской гимназии на Юго-Западе № 1543 — за ценные советы и замечания.

Вклад авторов в работу: А. Ю. Красненко, А. Ю. Елисеев — анализ литературы, планирование и выполнение исследования, анализ и интерпретация данных; Д. И. Борисевич, К. Ю. Цуканов — биоинформатический анализ данных; А. И. Давыдова — подготовка черновика рукописи; В. В. Ильинский — планирование исследования, научный руководитель. Все авторы принимали участие во внесении исправлений в текст рукописи.

Статья получена: 12.04.2017 Статья принята к печати: 24.04.2017
|
Рис. 1. Агарозный гель после проведения электрофореза с продуктами ПЦР. В первую лунку нанесен маркер длин ДНК, в остальные лунки — образцы. Черным овалом выделены димеры праймеров, образующиеся при постановке ПЦР
Рис. 2. Результат проверки качества библиотек для секвенирования на приборе Agilent Bioanalyzer 2100
Таблица 1. Универсальные пары праймеров, состоящие из регион специфической части V3 и V4 участков гена 16S рРНК и синтетической части, комплементарной адаптерам Nextera и Truseq
Таблица 2. Условия проведения полимеразной цепной реакции для амплификации V3 и V4 регионов с универсальными праймерами для адаптера Nextera
Таблица 3. Праймеры-индексы Nextera
Таблица 4. Условия проведения полимеразной цепной реакции для баркодирования для праймеров-индексов Nextera
Таблица 5. Вид представления результатов биоинформатического анализа